依山而造，始建于北宋大中祥符元年（1008），建時賜額為禪宗寺院。 近千年來，寺院屢經(jīng)修建，明弘治六年（ 1493 年），由于年久失修，寺宇破敗，寺中僧人德慶和惠福兩人進行重修。明萬歷四十六年（ 1618 年）、清康熙三十三年（ 1694 年）、同治七年（ 1868 年）又進行多次修理，最后定名為善法寺。黨的十一屆三中全會之后，寺院恢復(fù)生機。 1983 年，南山善法寺被列為重點文物保護單位。 1985 年 11 月被批準(zhǔn)為對外開放宗教場所。之后，南山善法寺在各級政府的關(guān)懷和各屆人士的支持下，相繼修建了山門、天王殿、藥師殿、圓通殿、大雄寶殿、三圣殿、觀音殿、玉佛殿、月桂亭、九龍壁、七寶塔等景點。全國政協(xié)副主席、中國佛教協(xié)會會長趙樸初題寫了寺名、大雄寶殿和玉佛殿殿名。殿內(nèi)有上千尊佛像，形態(tài)各異，栩栩如生。現(xiàn)在，寺院占地面積 20 畝，由 10 間廂房及 8 間齋堂組成。
2009年12月13日，浙江省臺州市路橋區(qū)南山善法寺隆重舉行了建寺千年慶典暨藥師寶塔奠基法會。